1．螨蟲 飼養土元，因喂食過多經常積剩，或者飼養池內飼養土過濕，均易導致螨蟲的產生；或者是土元飼養中的麥麩、豆粉、玉米粉存放時間過長，本身已有大量螨蟲帶到飼養室中。螨蟲繁殖很快，發現后應立即采取以下措施：
（1）刮除表面一層土，特別是食臺周圍的表層土，用窗紗篩把土篩出丟掉，如篩子上有一點土元，可用5%的漂白粉水拌一下土元蟲體再放入飼養池內。
（2）降低飼養池內土的溫度，使土稍干一點。
（3）減少或不喂食物。
（4）增加土元的密度，達到以多取勝，除去螨蟲。
（5）把有螨蟲的飼料高溫殺滅。
（6）用麥麩拌水捏成團，在養殖池內每平方米放三五個，2小時后把麥麩團丟掉，連續做一星期，螨蟲數量可大大減少。
2．大肚子病 土元生長期內，經常出現圓長、上背發光發亮、腹部鼓脹、行動緩慢、用手擠壓腹部易破并有黃色膿水流出、生長緩慢、不交配不產卵、有部分死亡的病體土元。對本病應以防為主，可更換潮濕的飼養土，打開門窗通風換氣，使養殖池內空氣新鮮。飼喂精飼料多一點，少喂青飼料，在飼料中配制2%的氯霉素。如病體蟲達到大蟲標準，可揀出制成干品出售。
3．天敵 土元的天敵較多，如鼠、螞蟻、蜘蛛、雞、鴨、貓……都能危害土元，所以建造飼養室要密封，防止有天敵進入。
螞蟻的防治方法：飼養室內螞蟻危害土元的幼蟲嚴重，可以用肉食類殘渣涂蜜糖誘殺。新藥蟑蟻凈對螞蟻有致命的殺滅作用，把蟑蟻凈粉末放在螞蟻出入的地方，螞蟻會馬上拖入洞中，一星期左右一窩螞蟻即死光。
蜘蛛的防治方法：土元飼養房內一年四季如春，很適合蜘蛛生長繁殖。四周墻角、底層、池頂部都是蜘蛛喜歡呆的地方。防治方法：一般采用人工捕捉，大規模養殖場都配有吸塵機，用吸塵機一星期吸一次，連續幾星期，基本上能把蜘蛛吸光，一般不用什么藥物，以免引起土元誤食。
4．農藥 給土元喂青飼料時一定要當心，防止有農藥污染的飼料，盛裝精飼料的蛇皮袋、器具都要避開、遠離農藥，一般農藥對土元有致命的殺傷力，蚊香、滅蟲劑也應嚴禁使用。